Joseph Pilates, který stojí za touto metodou, se narodil roku 1880 v Německu. Celý život se zabýval tělesným rozvojem. Svůj cvičební systém vyvinul a propracoval během první poloviny 20. století. Věřil, že duševní a tělesné zdraví jsou spojitá nádoba a že cvičení dokáže uzdravit tělo z nemoci. Jako dítě býval neduživý a často nemocný, a vyzkoušel proto mnohé ze cvičebních programů, které tehdy v Německu byly známy. Z této zkušenosti čerpal při vývoji svého vlastního systému. V návaznosti na tělocvičné styly z konce 19. století používal speciálně vyrobené cvičební stroje a inspiroval se rovněž tzv. „nápravným cvičením“ a „zdravotní gymnastikou“.
Za život o své metodě publikoval Joseph Pilates dvě knihy. První vyšla v roce 1934 a jmenovala se Tvé zdraví. Druhá vyšla o jedenáct let později a jmenovala se Návrat k životu díky kontrologii. Původně byla metoda dostupná jen několika málo jedincům a cvičila se pouze ve specializovaných studiích. Postupem času se však toto změnilo a nyní lze pilates cvičit jak ve fitness centrech, tak u fyzioterapeutů. Nijak neobvyklé nejsou ani hybridní formy cvičení, jako je yogilates nebo nověji Menezesova metoda. Jiné současné školy si zase původní metodu různým způsobem upravily a přizpůsobily (např. Stott Pilates). „Tradiční“ forma pilates je ovšem i dnes stejně aktuální jako dříve.
